Neon Genesis Evangelion Episode 21 : Nerv, la naissance.

Le commandant en second Fuyutsuki est enlevé et interrogé par la SEELE, qui est outragée que lors de son dernier combat l'Eva-01 ai absorbé l'organe S² d'un ange, ce qui lui permet de fonctionner indéfiniment sans source externe d'énergie. Pendant ce temps, Kaji déserte pour finalement essayer de trouver la vérité sur la NERV. Dans son entretien avec la SEELE, Fuyutsuki raconte sa première rencontre avec Gendô, Yui, les évènements obscurs qui entourent le second impact, et comment la NERV et le projet Evangelion sont nés. Les flashbacks révèlent aussi l'histoire de Misato, Ritsuko et Rei.

Neon Genesis Evangelion Episode 20 : Forme du cœur, miroir des gens.

À l'apogée de la bataille avec l'Ange Zeruel, Shinji atteint un taux de synchronisation de 400% avec l'Eva-01, un niveau normalement impossible. Ce qui entraîne une fusion de Shinji avec son Eva, et son corps s'est dissout dans le LCL de l'Entry plug. Pendant une période de 30 jours, alors que l'Eva-01 couverte de bandage reste immobile dans son hangar en attendant son rétablissement, Ritsuko s'efforce de trouver un moyen de régénérer Shinji. Pendant ce temps, la conscience de Shinji se lance dans un voyage introspectif où il rencontre l'âme de sa mère, Yui Ikari. Après avoir parlé avec elle, il "renaît" du cœur à nu de L'Eva-01. Plus tard dans la soirée, Misato et Kaji se remémore leur passé amoureux, ce qui perturbe Ritsuko.

Neon Genesis Evangelion Episode 19 : La guerre d'un homme.

Shinji, horrifié et détruit psychologiquement par son précédant combat, dépité par l'indifférence de Gendô sur la situation, quittent la NERV pour la seconde fois. mais dès qu'il quitte Tokyo-3, l'Ange Zeruel apparaît et défait facilement les autres Evas. Après une discussion avec Kaji, Shinji retourne à la NERV, pénètre dans le QG de la NERV et engage le combat avec son Eva-01. L'ange réussit à tenir tête à l'Eva-01 jusqu'à ce que ces batteries s'épuisent, et fait sauter son armure thoracique, révélant un coeur identique à celui des Anges. Quand l'Ange commence à s'attaquer au coeur de l'Eva-01, Shinji la supplie de se réveiller. L'Eva-01 redevient de nouveau en état de folie, se réveille, détruit l'Ange, le réduit en charpie, et dévore sa dépouille, absorbant par la même occasion son organe S².

Neon Genesis Evangelion Episode 18 : Le droit de vie ou de mort.

Alors que l'Eva-03 est en route pour le Japon en provenance des États-Unis, l'avion passe dans un nuage qui se trouve être un autre Ange microscopique, Bardiel, et infecte l'Eva-03. Pendant le premier test de synchronisation de Toji, l'Eva-03 devient hors de contrôle et mute pour devenir l'Ange Bardiel. Possédant à la fois la forme et la puissance d'une Evas, il détruit les équipements de test et se dirige vers Tokyo-03. Toutes les Evas sont sorties pour l'affronter, mais celles d'Asuka et Rei sont rapidement défaite. Shinji sait qu'un pilote se trouve à l'intérieur de l'Eva-03 (même s'il ignore qu'il s'agit de Toji), et refuse de se battre contre pour essayer la sauver. Comme Bardiel attaque, Gendô ordonne l'arrêt du contrôle de l'Eva-01 par Shinji, et d'activer le système d'auto pilotage Dummy Plug. Avec le pilotage par le Dummy Plug, l'Eva-01 attaque sauvagement l'Ange en le déchirant littéralement et broie son Entry Plug. Après le combat, déjà horrifié par la sauvagerie de son Eva, il le devient encore plus en voyant que c'est Toji qui est sortie de la carcasse de l'Entry Plug.

Neon Genesis Evangelion Episode 17 : Le quatrième qualifié.

Un désastre inexpliqué survient au sein de la seconde branche de la NERV basée dans le désert du Nevada. Elle a disparu après un flash, qui a fait disparaître tout ce qui se trouvait dans un rayon de 89 kilomètres, y compris des milliers de personnes. L'incident coïncide avec le test d'installation d'un organe S² (capable de délivrer une source d'énergie infini aux Evas) au sein de l'Eva-04, l'une des deux Evas récemment produite par les États-Unis. Paniqué par cet incident, le gouvernement américain demande à ce que l'Eva-03, produite dans le Massachusetts, quitte le territoire aussi vite que possible. L'Eva-03 s'envolant pour Tokyo-3, un nouveau pilote est choisi : Toji Suzuhara.