Neon Genesis Evangelion Episode 6 : Combat décisif à Tokyo-3.

Ramiel est en train de forer la couche supérieure de Tokyo-3 pour atteindre le geofront avec le quartier général de la NERV en dessous. En face d'un puissant rayon d'attaque et un AT Field le plus puissant jamais observé, un assaut direct avec les Evas échouerait. Un plan est élaboré avec l'Eva-01 qui utilise un prototype avancé de canon à positron, fonctionnant avec l'électricité produite par tout le Japon, pendant que Rei avec son Eva-00 protège l'Eva-01.

Neon Genesis Evangelion Episode 5 : Rei, par-delà son cœur.

L'Eva-00 est finalement réparée après avoir été dans un état second de folie pendant l'expérience d'avant le premier épisode. Shinji essaie de faire connaissance avec le pilote de l'Eva-00, Rei Ayanami, mais celle-ci est peu réceptive et solitaire. Tous ses souvenirs semblent s'être effacés. Un nouvel Ange arrive, Ramiel, un énorme diamant métallique flottant dans les airs, qui a presque tué Shinji.

Neon Genesis Evangelion Episode 4 : La pluie, après la fuite.

Stressé à l'idée de devenir un pilote d'Evas et après s'être disputé avec Misato, Shinji s'enfuit de la maison. Il est vite rattrapé par la NERV, mais choisit de ne plus piloter d'Evas. Au dernier moment avant de monter dans le train pour quitter Tokyo-3, il décide de rester.

Neon Genesis Evangelion Episode 3 : Le téléphone ne sonne pas.

Shinji commence l'école à Tokyo-3 et rencontre ses camarades de classe Toji, Kensuke, et Hikari Horaki. Toji n'apprécie pas Shinji parce que sa sœur a été gravement blessée lors du premier combat de Shinji contre un ange. Un autre ange apparaît et Shinji doit le battre.

Neon Genesis Evangelion Episode 2 : Plafonds inconnus.

Shinji se réveille à l'hôpital après avoir vaincu Sachiel, sans souvenir du combat contre l'ange la nuit précédent. Son père ne veut rien avoir à faire avec lui, aussi la chef des opérations de la NERV, la jeune et sexy Misato Katsuragi, devient sa tutrice légale. Emménageant dans l'appartement de Misato, il se rappelle la furieuse bataille.